خیلی از تغییرات در محیط زیست در درازمدت اتفاق می افتد. در کشاورزی ارگانیک چون به اکوسیستم احترام گذاشته می شود اثر مخربی برای محیط زیست ندارد. در مورد خاک نیز در کشاورزی ارگانیک از کمترین شخم ، کودهای بیولوژیکی ، تناوب کشت مناسب، گیاهان پوششی و ... استفاده می شود .